این مرحله از مسافرت من به نجف که نخستین سفرم به عراق بود، یک سال و اندی به درازا کشید. در این مرحله، ضمن شرکت در درس‌های خارج حضرت امام و آیت‌الله علامه فانی اصفهانی، به رسالت انقلابی و سیاسی خود نیز عمل کردم. در ارتباط با زندانی شدنِ آیت‌الله منتظری و آیت‌الله ربانی، و نیز انتقال گزارش آن به مراجع نجف، و همچنین درخواست چاره‌جویی از آنان، فعالیت‌هایی داشتم، به طوری که اقدام‌های مراجع به آزادی آنان انجامید.
از این رو تصمیم گرفتم که به ایران بازگردم، تا از نزدیک از اوضاع سیاسی ایران و حوزه علمیه قم آگاه شوم. از سوی دیگر، چون مشکل گذرنامه هم برطرف شده بود، دلهره و دغدغه‌ای نداشتم. به ایران بازگشته و به قم آمده، و مشغول کارهای روزمره خود شدم.
هنوز چند روزی از ورودم به قم نگذشته بود، که ناگهان باخبر شدم، که آیت‌الله حاج شیخ محمد حسین خندق آبادی، در مراسم احیای شب بیست و یکم رمضان 1386، برابر با سیزدهم دی ماه 1345، بر اثر عارضه قلبی به رحمت خدا رفت. او برادرزاده حاج شیخ جعفر خندق‌آبادی، از روحانیون مبارز تهران بوده، و چند بار نیز دستگیر و زندانی شده بود.
همان‌گونه که پیش‌تر گذشت، طلاب انقلابی منتظر چنین رخدادهایی بودند، تا از آن به سود انقلاب بهره‌برداری کنند. من در مراسم تشییع و مجلس ترحیم این عالم مبارز شرکت داشتم. هر دو مراسم تبدیل به یک میتینگ سیاسی، بر ضد رژیم ستم‌شاهی شده بود. هنوز دو ماهی از بازگشتن من به قم و ایران نگذشته بود، که حال و هوای نجف دوباره بر دل و جانم نشست به گونه‌ای که مصمم شدم دوباره به عراق بازگردم.