روز 25 شوال، روز شهادت رئیس مذهب جعفری حضرت امام جعفر صادق علیه السلام، هر سال از طرف طلاب مدرسه فیضیه مجلس روضه‌خوانی برقرار بوده است، طلاب مدرسه‌ها، اساتید و مراجع تقلید نیز دعوت می‌شدند. در سال 1342، نیز این مراسم در فیضیه برقرار شد، و واعظ شهیر، آقای شیخ مرتضی انصاری قمی به سخنرانی پرداخت. این مجلس، در واقع از طرف آیت الله گلپایگانی برپا شده بود. از ظاهر مجلس پیدا بود
که افرادی مشکوک در گوشه و کنار، به ویژه در میان مجلس و جلو منبر نشسته‌اند. لباس شخصی‌ها، کت و شلوار سرمه‌ای یک دست به تن داشتند. آنان ریش‌هایشان تراشیده، و مدل اصلاح موی سرشان مدلی متفاوت بود.
سوالی که در ذهن هر بیننده‌ای مطرح بود، این بود که آنان چه کسانی هستند؟ هنوز چند دقیقه‌ای از سخنرانی آقای انصاری نگذشته بود، که یکی از آنان در میان منبر، بدون مقدمه سخن آقای انصاری را قطع کرده و گفت: «بلند صلوات بفرستید». مردم صلوات فرستادند. آقای انصاری گفتند: «آرام باشید». و سپس به سخنان خود ادامه دادند. فرد دیگری گفت: «برای سلامتی امام زمان(عج) صلوات بفرستید» برخی به ویژه آن افراد مشکوک صلوات فرستادند.
آقای انصاری بار دیگر مردم را به سکوت دعوت کرد. این‌طور به نظر آمد، که وضع مجلس چندان مساعد نیست. در حقیقت آنان در صدد به‌هم زدن مجلس بودند. با صلوات‌های بعدی آقای انصاری از منبر پایین آمد. آنان بی‌درنگ از جا بلند شده، و عکس شاه رااز زیر لباس‌های خود بیرون آورده و شروع به شعار دادن کردند: «جاوید شاه، جاوید شاه؛ زنده باد شاه.» طلاب میان مجلس خواستند که ساکتشان کنند. ناگهان به آنان حمله کردند و پس از زد و خورد کوتاهی که با طلبه‌ها صورت گرفت، از مدرسه فیضیه بیرون رفتند. طلاب از ماجرایی که رخ داده بود، متوحش و متحیر بوده و سرگرم گفت‌و‌گو درباره چند و چون ماجرا بودند، که لباس شخصی‌ها همراه نیروهای دیگر و مسلح به چوب و چماق و تفنگ به مدرسه بازگشته و به سمت طلاب هجوم آوردند. طلاب قصد مقاومت داشتند، اما ممکن نبود. از این رو به اتاق‌ها و طبقه دوم و نیز پشت بام پناه بردند.
آیت الله العظمی گلپایگانی که در مجلس حضور داشت را به حجره آقای باستانی نجف‌آبادی بردند که در امان باشد. ناگهان ده‌ها نفر با چوب و چماق به جان طلاب افتاده و زد وخورد شروع شد. دست و سر و پا بود که می‌شکست. خون از سر و صورت طلاب جاری شده بود. درب حجره‌ها را شکسته و اگر طلبه‌ای پناه گرفته بود،
او را بیرون کشیده و اثاثیه حجره‌اش را، حتی کتاب‌ها و قرآن‌ها را به داخل حیاط مدرسه فیضیه پرتاب می‌کردند. حیاط از لحاف، پتو، زیلو، عبا و عمامه‌های خونین طلاب پر بود. دسته‌ای از کماندوها رفته بودند و دسته دیگری که تازه نفس بودند به مدرسه هجوم آوردند. گاهی برخی حجره‌ها چندین بار مورد هجوم مهاجمان قرار می‌گرفت.
ناله طلبه‌هایی که ضربه‌های چوب، سر و صورتشان را شکسته بود، بلند‌تر شده بود. گروهی از کماندوها، دست و پای طلبه‌ها را گرفته و آنان رااز طبقه دوم به میان حیاط مدرسه پرت کردند. برخی از طلبه‌ها را به رودخانه‌ای که پشت مدرسه فیضیه بود انداختند. طلاب فریاد می‌زدند: یا حسین! کماندوها شعار می‌دادند: جاوید شاه! در میانه این بلوا نفهمیدم که چگونه وسایل طلاب را در محوطه مدرسه به آتش کشیده و آن‌ها را سوزاندند. با دیدن این مناظر غم‌انگیز، صحنه ظهر عاشورا برایمان تداعی شد. ساعت‌ها مدرسه فیضیه در خون و آتش می‌سوخت، و گاهی صدای تیراندازی وحشت را دو چندان می‌ساخت. من در آغاز درگیری ساعت‌هایی همگام با گروهی از طلاب در شمار مدافعان بودم، اماآن‌گاه که چوب‌ها وحشیانه به سر و صورتم خورد، ناگزیر در شمار فراری‌ها در آمده، و از مدرسه فرار کردم. در پی فاجعه فیضیه، مسئولان رژیم شاه به مراکز درمانی قم اعلام کردند که از پذیرش مجروحین و مصدومین حادثه مدرسه فیضیه خود‌داری کنند. در پی این دستور برخی بیمارستا‌ن‌ها، مجروحین و مصدومین حادثه فیضیه را نپذیرفتند. دسته‌ای از مجروحین ـ که به منزل آیت الله خمینی پناهنده شدند ـ از آنان دلجویی شد. مجروحین و مصدومین ـ که از بیمارستان‌های قم از سوی ماموران اخراج شدند ـ در بیمارستان فاطمی بستری شدند. شادروان دکتر واعظی، رئیس بیمارستان و آقای دکتر مدرسی به رغم مخالفت رژیم مجروحین را پذیرفته و گروهی از مجروحان نیز در خانه‌هایشان تحت درمان قرار گرفتند. پزشک‌هایی نظیر دکتر مدرسی و دیگران به منازل آنان رفته و معالجه‌شان کردند.
پس از این رخداد شخصیت‌های برجسته مذهبی، باارسال پیام‌های تسلیت،
پشتیبانی خود رااز نهضت اعلام داشتند.
در آن روزها وضع قم بسیار آشفته بود و شرایط روحانیون و کسانی که به دفاع از طلاب پرداختند، بسیار وخیم شد. گروه‌هایی که مامور حکومت بودند، با نفربرها بر سر چهار‌راه‌های قم گمارده شدند. در حقیقت حکومت نظامی بود. هر کجا گروهی از مردم و جوانان قم به حمایت از روحانیت و اعتراض به قتل عام فیضیه تجمع داشته یا تظاهراتی داشتند با سرکوبی ماموران گارد روبه‌رو بودند. حکومت گروه زیادی از ماموران شهربانی، کماندوهای گارد سلطنتی، و نیز ساواکی‌های تهران را به قم اعزام کرد. گفتنی است که حکومت مساله فیضیه قم را برای آنان وارونه ساخته بود.
به خاطر دارم، که به مناسبت فاجعه مدرسه فیضیه قم، مجلس یاد بود و بزرگداشتی در مسجد ارک تهران، از سوی آیت الله حکیم برگزار شد. در این مجلس آقای فلسفی منبر رفت و سخنرانی کرد. ایشان نامه‌هایی را که مراجع عظام به‌عنوان اعلامیه داده بودند، روی منبر خواند. آقای فلسفی اعلامیه آیت الله خمینی را پس از اعلامیه‌های دیگر خواند. یعنی زمانی که احساس کرد، ملت آماده شنیدن آن هستند. این‌کار؛ هیجان خاصی به مجلس داد. چون امام خمینی در این اعلامیه سوره فیل را یاد‌آوری کرده بود. هم‌زمان با شنیدن پیام امام، ملت شروع کردند به قرائت سوره فیل.