از توطئه‌های دیگر دشمنان برای ایجاد اختلاف در حوزه نجف این بود که در همه جا پخش کردند که دکتر علی شریعتی در کتاب‌های خود از جمله در اسلام‌شناسی، علی(ع) و فاطمه، فاطمه است مسائل کفرآمیزی عنوان نموده و به روحانیت توهین کرده است. پس از پخش این مطالب، بلافاصله عده‌ای از مراجع موضع‌گیری کرده و به سختی شریعتی را کوبیدند. در این میان عده‌ای از علما و طلاب از امام خواستند تا نظرشان را در این مورد اعلام بنمایند. در حقیقت آن‌ها می‌خواستند آن حضرت را تحت فشار قرار دهند و نتیجه چنین عملی مشخص بود! اما ایشان در همان قدم اول از کُنه ماجرا باخبر شده و مسأله را به حاج شیخ حبیب‌الله اراکی که مورد وثوق مراجع و علما و طلاب بود، محول کردند.
آقای اراکی نیز پس از مطالعه کتاب‌های دکتر در جلسهای عنوان کردند که: من هر چه این کتابها را خواندم، کفری در آن‌ها نیافتم و نمیتوانم تهمت کفر بر آقای شریعتی بزنم.
بالاخره با هوشیاری امام جلو بسیاری از سوءاستفادهها و تفرقهها گرفته شد، هر چند که با بهانههای واهی عده‌ای از اطرافیان آن حضرت کتک خوردند و اتهاماتی نیز بر خود ایشان زده شد.
خاطرات سال های نجـفج. 1صفحه 230