نظر امام دربارۀ همۀ علوم این است که آنها را دو بعدی می دانند: بعد الهی و بعد مادی خالص، این نظریه را در مورد علوم چنین مطرح نموده اند:
«باید همه ما کوشش کنیم. دانشگاه کوشش کند، دانشگاههای دینی کوشش کنند، دانشگاههای علمی شما کوشش کنند انسان درست کنند، همه دنبال این باشید، انسان. اگر انسانیت را استثنا بکنید، یک فردی درست بکنید دانشمند، یک طبیبی که بهتر از همۀ اطبای دنیاست اگر این وجهۀ انسانی نداشته باشد، همین طبیب مضر است. ... قضیه کسب نیست، قضیۀ علاج انسانی است، الهی است. یک طبیب می تواند معالجه اش الهی باشد، می شود معالجه اش طاغوتی و شیطانی باشد.». و یا «نقش دانشگاه در هر کشوری ساختن انسان است. ممکن است از دانشگاه انسانی خارج شود که یک کشور را نجات بدهد، ممکن است یک انسان درست بشود که کشور را به هلاکت برساند، این نقش مهم از دانشگاه می باشد. مقدرات هر کشوری به دست دانشگاه و آنهایی که از دانشگاه بیرون می آیند، هست. بنابراین دانشگاه بزرگترین مؤسسه مؤثر در کشور بوده و بزرگترین مسئولیتپها را هم دانشگاه دارد ... همین مطلب در روحانیت هم هست. روحانیت هم نقش دارد، در روحانیت هم ممکن است یک روحانی کشور را نجات بدهد و ممکن است یک روحانی یک کشور را به هلاکت برساند».
در سخنرانی در جمع استادان دانشگاه:
«فرق بین دانشگاههای غربی و دانشگاههای اسلامی باید در آن
طرحی باشد که اسلام برای دانشگاهها طرح می کند. دانشگاههای غربی به هر مرتبه ای هم که برسند، طبیعت را ادراک می کنند، طبیعت را مهار نمی کنند برای معنویت. اسلام به علوم طبیعی نظر استقلالی ندارد، تمام علوم طبیعی به هر مرتبه ای که برسند، باز آن چیزی که اسلام می خواهد نیست. اسلام طبیعت را مهار می کند برای واقعیت و همه را رو به وحدت و توحید می برد. تمام علومی که شما اسم می برید و از دانشگاههای خارجی تعریف می کنید، و تعریف هم دارد، اینها یک ورقه از علم است آن هم یک ورقۀ نازکتر از همه اوراق ... تعلیمات اسلام تعلیمات طبیعی [تنها] نیست، تعلیمات ریاضی [تنها] نیست، همه را دارد، لکن اینها مهار شده با توحید. برگرداندن همۀ طبیعت و همۀ ظل های ظلمانی به آن مقام نورانی که آخر، مقام الوهیت است. بنابراین باید این معنا که علوم (ما از آنها هم تمجید می کنیم ـ تعریف می کنیم، هم علوم طبیعی هم علوم مادی، لکن آن خاصیتی که اسلام از اینها می خواهد در غرب از آن خبری نیست) ... مهار شود به علوم الهی و برگشت به توحید بکند.