امام امت (قدس سره) در جریان زد و خورد سال 1332، زمان نخست
وزیری مصدق، در جریان تبعید آقای سیدعلی اکبر برقعی که طلاب با مأمورین ژاندارمری و شهربانی زد و خورد کردند و تعدادی از آنها زخمی و چند نفر به شهادت رسیدند، مستقیماً به بیمارستان سهامیه در خیابان ارم قم آمدند و پرونده طلاب را یکی پس از دیگری رؤیت نمودند و ملاحظه کردند که در پرونده طلاب دست برده اند و زخم آنها را جزئی قلمداد کرده اند. امام که آن موقع مرجع مطلق نبود، از این جریان بی اندازه ناراحت بود و جریان را در درس بیان فرمودند.
در جریان دوم فروردین 1342 که کماندوها به مدرسه فیضیه حمله کردند و تعدادی در حدود هزار نفر را زخمی کردند و پس از بستری کردن آنها در بیمارستان، شاه دستور داد آنها را از بیمارستان بیرون کنند و همین کار را هم کردند که منجر به یک اعلامیه تند از طرف امام علیه شاه شد.