از مسایلی که امام در نجف با آن مبارزه می کرد سنت های غلط بود. او به قول معروف سنت شکنی کرد. در نجف رسم بود که وقتی یکی از مراجع یا علمای بزرگ از دنیا می رفت دیگر مراجع به نوبت برای او مجلس ختم می گرفتند و از بلندگوی صحن اعلان می کردند که مجلس از طرف فلان آیت الله با عناوین و القاب زیاد بر پا می شود و هر روز هم بر این عناوین و القاب اضافه می شد. امام این سنت را شکست. بعد از فوت مرحوم آیت الله حکیم، مرحوم شیخ نصرالله خلخالی خدمت امام رسید و اصرار نمود که از طرف امام مجلس ختم گرفته شود، امام اول فرمود: لازم نیست. مرحوم خلخالی اصرار کرد این بار امام فرمود: به شرط این که از گفتن عناوین و القاب خودداری شود.
سپس اعلامیه نوشته شده و به اطلاع امام رسید که فقط نوشته شده بود: «مجلس از طرف سماحه آیت الله خمینی برگزار می گردد.» وقتی این اعلامیه را به شیخ احمد هندی دادند تا از بلندگو اعلان کند، متن آن را مطالعه کرد بعد آن را بوسید و بر
خاطرات سال های نجـفج. 2صفحه 41 چشم هایش گذاشت. وقتی از بلندگوی صحن مطهر اعلان شد مانند توپ در نجف منفجر شد. همه تعجب می کردند. یک نمونه دیگر، اگر تحریرالوسیله چاپ اول را ببینید، ملاحظه می کنید که پشت جلد آن نوشته بود «زعیم حوزه علمیه» امام دستور داد آن را خط بزنند. این در حالی بود که کتاب چاپ و جلد کامل شده و برای توزیع آماده بود.
وقتی مجلس برگزار می شد امام معمولا تشریف می آورد و سپس بعد از خواندن فاتحه و یک جزء قرآن تشریف می برد. در تمام مجالس ختم چنین بود. در مجلس ختم آیت الله حکیم، استاندار کربلا و نجف و تعداد زیادی از مسوولین رژیم بعث وارد مسجد هندی شدند. جمعیت موج می زد، کنار در، همه علما و فضلا ردیف نشسته بودند. امام هم تقریبا در وسط قرار گرفته بود. وقتی این ها آمدند همه علما جلوی پای آن ها بلند شدند، تنها کسی که از سر جای خود تکان نخورد امام بود اما اگر یک طلبه فاضل و با تقوا می آمد تمام قامت بلند می شد. ولی در مقابل سردمداران حکومت تکان نخورد. این ها درس های عملی امام بود که به ما می آموخت چگونه ارزش ها را ارج نهیم.
خاطرات سال های نجـفج. 2صفحه 42