امام در ۱۵ بهمن ۱۳۵۷ آقای مهندس مهدی بازرگان را به پیشنهاد شورای انقلاب به نخست وزیری منصوب نمود. مردم با برپایی راهپیمایی های گسترده به حمایت از تصمیم امام پرداختند و بسیاری از سربازان و درجه داران مؤمن ارتش به صفوف ملت پیوستند. و سرانجام در صبحدم ۲۲ بهمن ۱۳۵۷ نهضت امام خمینی پیروز شد.
مردم در روز دوازدهم فروردین 1358 ه. ش در رفراندوم جمهوری اسلامی شرکت کردند و در این انتخابات به تشکیل جمهوری اسلامی ایران با بیش از 98 درصد رای موافق پاسخ مثبت دادند و از آرمان های امام خمینی حمایت کردند.
امریکاییان پس از اشغال لانه جاسوسی امریکا به انواع روش ها مانند محاصرۀ اقتصادی و سیاسی متوسل شدند تا ایران را وادار به تسلیم کنند؛ اما مردم ایران با الهام از رهنمودهای امام خمینی حاضر به تسلیم نشدند. امریکا طرح عملیات آزاد کردن جاسوسان بازداشت شده خود و بمباران مراکز حساس ایران را برای نابودی انقلاب داشت که در صحرای طبس ایران، به طور معجزه آسا با شکست مواجه شد. پس از واقعه طبس عملیات شکست خورده رسماً از سوی جیمی کارتر ناتمام متوقف شد.
ابوالحسن بنی صدر اولین رئیس جمهور ایران بعد از انقلاب اسلامی است. او از آغاز با جناح خط امام و روحانیت مخالفت نمود. سازش و زد و بندهای سیاسی با کشورهای قدرتمند، حذف نیروهای مذهبی انقلابی و جایگزین کردن عناصر وابسته به گروهکهای ضد انقلابی و کارشکنی در دفاع و دفع تجاوز دشمن در جمگ تحمیلی عراق علیه ایران، وحدت ملی را به مخاطره انداخت و متعاقب رأی بیکفایتی وی توسط مجلس شورای اسلامی، امام خمینی حکم عزل ابوالحسن بنی صدر از ریاست جمهوری را صادر کرد.
سازمان مجاهدین خلق که بعدها به علت خیانت ها و جنایت ها به سازمان منافقین معروف شد، در سالهای 44 تا 46 با هدف مبارزۀ مسلحانه با رژیم شاه تشکیل شد و به دلیل برداشتهای سطحی رهبران آن از جمله مسعود رجوی آخرین رهبر این گروه، از اسلام به دام التقاط افتادند. آنان در 30 خرداد 1360 دست به اغتشاشی خونین زدند و از این پس رسماً اقدامات براندازی و فعالیتهای تروریستی علیه انقلاب اسلامی را آغاز کرده و ترور شخصیتهای برجسته و عملیات مرصاد بعد از قبولی قطعنامه 598 شورای امنیت از جنایات این گروه است.
شکست طرحهای براندازی نظام جمهوری اسلامی ایران از سوی امریکا سبب شد این کشور در سال 1359 به سمت تجربۀ راه حل نظامی برود و با توجه به فراهم نبودن افکار عمومی جهانیان برای لشکرکشی مستقیم، کشور عراق به رهبری صدام بهترین گزینه برای امریکا بود و بدین ترتیب جنگ هشت ساله عراق علیه ایران که به دفاع مقدس نزد ایرانیان معروف شد، آغاز گردید.
آغاز جنگ تحمیلی عراق علیه ایران از روز 31 شهریور 1359 با تجاوز گستردۀ نظامی عراق در طول 1280 کیلومتر مرز مشترک با ایران بود که به سرعت کیلومترها در خاک ایران پیشروی کرد. همزمان هواپیماهای نظامی عراق، فرودگاه تهران و مناطق دیگر را بمباران کردند. ایران در مقابل عمل انجام شده قرار گرفته بود و دو راه بیشتر نداشت: مقاومت و دفاع در جنگی نابرابر و یا تسلیم شدن. امام خمینی در واکنش به این توطئه فرمان مقاومت صادر کرد و نظارت و هدایت این جنگ را بر عهده گرفت.
امام خمینی مثل همیشه تکیه گاهش خدا و مردم خداجو بود. او با سخنرانی ها و پیام هایش مردم را آماده نبردی سخت و طولانی مدت کرد. ارتش عراق که با وعده فتح سه روزه صدام، آمادگی جنگ فرسایشی طولانی مدت را نداشت با دفاع مردم ایران زمین گیر شد و بدین ترتیب دور تازهای از فشارهای سیاسی به سرکردگی امریکا و مجامع بین المللی یعنی تحمیل آتش بس آغاز شد.
امام خمینی طی سالهای طولانی به تدریس در حوزۀ علمیه قم پرداختند. شاگردان امام در حوزۀ علمیه قم به 1200 نفر هم رسیده بود که در میان آنان ده ها تن از مجتهدین مسلّم و شناخته شده حاضر بودند و از مکتب فقه و اصول امام خمینی بهره می بردند.
امام خمینی قریب سیزده سال به تدریس در حوزه علمیه نجف در مسجد شیخ انصاری (ره) پرداختند. پس از اندک زمانی علی رغم کارشکنی های مرتجعین، حوزۀ درسی ایشان به عنوان یکی ازبرجسته ترین حوزه های درسی نجف از لحاظ کیفیت و کمیت شاگردان شناخته شد. ایشان در نجف برای نخستین بار مبانی نظری ولایت فقیه را در چندین جلسه تدریس نمودند.
صدام برای آتش بش نه تنها تضمینی برای عقب نشینی به مرزها نداده بود بلکه رسماً مدعی بود که مناطق وسیع اشغال شده و مناطق دیگری که هنوز به اشغال در نیامده اند می بایست به خاک عراق ملحق شوند و امام خمینی بدون توجه به هیاهوهای تبلیغاتی غرب مردم را به دفاع و ادامه جنگ تحمیلی تا عقب نشینی متجاوز به مرزهای شناخته شده و جبران خسارات وارده دعوت می کرد.
امام خمینی که حفظ کیان حوزه ها و اقتدار روحانیت و زعامت دینی را تنها پناهگاه مردم می دانست، همواره علم و فضل و تلاش خویش را در خدمت به تحکیم حوزۀ تازه تأسیس علمیه قم به کار گرفت و در نجف نیز علیرغم مخالفت ها و کارشکنی ها و زخم زبان های روحانی نمایان به اصلاح و تغییر تدریجی حوزه علمیه نجف پرداخت تا شرایط تربیت و آموزش نسلی که پیام و آرمان او را درمی یابد، فراهم آورد.
امام خمینی به رشته های مختلف علاقه مند بودند. اساتید امام خمینی در ریاضیات و هیئت و فلسفه مرحوم حاج سید ابوالحسن رفیعی قزوینی و ادامه همین دروس به اضافه علوم معنوی و عرفانی نزد مرحوم آقا میرزا علی اکبر حکمی یزدی بودند. عروض و قوافی و فلسفه اسلامی و فلسفه غرب را نزد مرحوم آقا شیخ محمدرضا مسجدشاهی اصفهانی و عالی ترین سطوح عرفان نظری و عملی را به مدت شش سال نزد مرحوم آیت الله آقا میرزا محمدعلی شاه آبادی ـ اعلی الله مقاماتهم ـ آموختند و با آیت الله حاج میرزا جواد ملکی تبریزی نیز مأنوس بودند.
قطعنامۀ ۵۹۸ شورای امنیت از تصویب گذشت. این قطعنامه قسمت عمدۀ نقطه نظرات و شرایط قبلی ایران برای ترک نبرد را که از آغاز دفاع خویش بر آنها اصرار می ورزید ولی سازمان های بین المللی به امید پیروزی صدام زیر بار نمی رفتند، پذیرفته بود. تصویب این قطعنامه از یک سو و فجایع ضدانسانی که در ماه های آخر جنگ از ناحیۀ جنگ افروزان پدید آمده بود سبب شد تا به فرمان امام هیأتی از کارشناسان نظامی و سیاسی و اقتصادی متعهد ایران ابعاد وضعیت تازه را بررسی نمایند. این گروه در پایان بررسی به اتفاق آرا، نظر خویش را مبنی بر آماده بودن شرایط برای اثبات حقانیت جمهوری اسلامی در دفاع مقدس هشت ساله و ترک مخاصمه براساس مفاد قطعنامه ۵۹۸ اعلام کرد.
آثار علمی امام خمینی شامل ده ها کتاب و اثر گرانبها در مباحث اخلاقی، عرفانی، فقهی، اصولی، فلسفی، سیاسی و اجتماعی است. تألیفات امام خمینی به زبان عربی و فارسی نوشته شده اند. مجموعه درس های ایشان که توسط شاگردانش گردآوری شده اند، تحت عنوان تقریرات امام خمینی و آثار شفاهی و مکتوب سیاسی و اجتماعی ایشان که در مجموعه 22 جلدی صحیفه امام گردآوری شده اند و همچنین مجموعه سروده ها با عنوان دیوان امام نیز از ایشان به یادگار مانده است.