پس از رحلت آیت الله العظمی حائری یزدی تلاش امام خمینی به همراه جمعی دیگر از مجتهدین حوزه علمیه قم به نتیجه رسید و آیت الله العظمی بروجردی (ره) به عنوان زعیم حوزۀ علمیه عازم قم شد. امام خمینی که حفظ کیان حوزه ها و اقتدار روحانیت و زعامت دینی را تنها پناهگاه مردم می دانست، همواره علم و فضل و تلاش خویش را در خدمت به تحکیم حوزۀ تازه تأسیس علمیه قم به کار گرفت و با وجود برخی اختلاف نظرها به عنوان مدافعی دلسوز در کنار آیات عظام حائری و بروجردی ـ اعلی الله مقاماتهما ـ باقی ماند.
امام خمینی در نجف نیز علیرغم مخالفت ها و کارشکنی ها و زخم زبانهای روحانی نمایان که امام با همه صبر و بردباریش از آن به تلخی تمام یاد کرده است به اصلاح و تغییر تدریجی حوزه علمیه نجف پرداخت تا شرایط تربیت و آموزش نسلی که پیام و آرمان او را درمی یابد، فراهم آورد.