ابوالحسن بنی صدر در آستانه پیروزی انقلاب به کشور بازگشت و با سخنرانی ها و ارائه کتاب های خویش، از خود چهره ‏ای مذهبی ـ انقلابی و اقتصاددانی آگاه ارائه کرد. اعتماد مردم به سخنان او سبب شد که در انتخابات اولین دورۀ ریاست جمهوری ایران (5 / 11 / 1358) از رقبای خود پیشی بگیرد و رئیس جمهور منتخب مردم شد و امام خمینی حکم تنفیذ ریاست جمهوری را برای وی صادر نمودند. و در مراسم تنفیذ حکم او را نصیحت کردند و فرمودند: من یک کلمه به آقای بنی صدر تذکر می‏ دهم، که آن یک کلمه تذکر برای همه است: حبّ‏ الدنیا رأس کلّ خطیئة کیش شخصیت و قدرت‏ طلبی آقای بنی صدر مانع از به‏ کارگیری این نصیحت شد. او مغرور از آرای به دست آمده، از آغاز بنا را بر اختلاف با جناح خط امام و مخالفت با روحانیت گذاشت. او معتقد به سازش و زد و بندهای سیاسی با کشورهای قدرتمند بود. در سیاست داخلی، وی حذف نیروهای مذهبی انقلابی و جایگزین کردن عناصر وابسته به گروهک های ضد انقلابی را آغاز کرده بود. در دوران ریاست جمهوری او، خاک ایران بر اثر تجاوز نظامی گسترده عراق اشغال شد. عوامل وابسته به رئیس جمهور که بقای خویش را در افزایش مشکلات و ایجاد بحران برای نظام اسلامی می‏ دیدند با استفاده از موقعیت بنی صدر به ‏عنوان فرمانده کل قوا، در کار دفاع و دفع تجاوز دشمن کارشکنی کرده و از تجهیز نیروهای مردمی و سپاه پاسداران انقلاب اسلامی جلوگیری می‏ کردند. وحدت ملی با اختلاف‏ افکنی های بنی صدر به مخاطره افتاده بود. امام خمینی طی حکمی کوتاه در 20 خرداد 1360 بنی صدر را از فرماندهی کل قوا عزل کردند. و متعاقب آن مجلس شورای اسلامی رأی به بی‏ کفایتی وی داد. امام خمینی با این رأی حکم عزل ابوالحسن بنی صدر از ریاست جمهوری را صادر کردند.