آغاز جنگ تحمیلی عراق علیه ایران در روز 31 شهریور 1359 با تجاوز گستردۀ نظامی در طول 1280 کیلومتر مرز مشترک از شمالی‏ ترین نقطۀ مرز مشترک با ایران تا بندر خرمشهر و آبادان در جنوب ایران بود.
همزمان هواپیماهای نظامی عراق فرودگاه مهر آباد تهران و مناطق دیگر را (در ساعت دو بعد از ظهر آن روز) بمباران کردند. ماشین جنگی صدام که از مدتها قبل به کمک دولت فرانسه و کارتلهای اسلحه‏ سازی امریکایی و انگلیسی و تجهیزات نظامی روسی آماده این تجاوز شده بود به سرعت کیلومترها در خاک ایران پیشروی کرد و مناطقی وسیع از پنج استان ایران را اشغال کرد. دفاع مقدس مرزنشینان در مراحل اولیه جنگ به علت عدم اطلاع و آمادگی قبلی و نداشتن تجهیزات و نیروی نظامی با قساوت بعثی ها در هم شکسته شد. شهرها و روستاهای موجود در مناطق اشغالی به سرعت تخریب و به تَلی از خاک بدل شدند و صدها هزار تن از خانه و کاشانه خود آواره گردیدند. ارتش ایران که بر اثر حوادث انقلاب به شدت آسیب دیده و از هم گسیخته بود، دوران اولیه بازسازی خود را می ‏گذراند و سپاه پاسداران انقلاب اسلامی که به فرمان امام خمینی تازه تأسیس شده بود در آغاز راه بود و نیرو، تجهیزات و تجربه کافی را در روزهای نخست جنگ نداشت. صدام حسین نیز با اطلاعاتی که امریکا و فرانسه و عوامل ستون پنجم در اختیارش گذاشته بودند از این واقعیت ها و نقاط ضعف به خوبی آگاهی داشت و به همین جهت نیز حتی نقشه‏ های عراق بزرگ را آماده کرده بود که در آن، استان خوزستان به طور کامل و بخش هایی از استان های غربی ایران جزو خاک عراق دیده می ‏شدند. او مطمئن شده بود که نظام اسلامی توان مقابله در برابر این لشکرکشی را نداشته و به زودی ساقط خواهد شد و دنیای استکبار نیز از او حمایت خواهد کرد.

پخش خبر آغاز جنگ تحمیلی عراق علیه ایران با همه اهمیتش با سکوت مرگبار تمامی مجامع بین‏ المللی و قدرت های مطرح جهان همراه بود. این سکوت معنی‏ دار، و خصومت کینه‏ توزانۀ همان قدرت ها با جمهوری اسلامی ایران، و واقعیت های موجود در داخل کشور، و توان گسترده نظامیِ به کار گرفته‏ شده از سوی بعثی ها، شرایطی بس دشوار برای تصمیم‏ گیری پدید می‏ آورد. ایران در مقابل عمل انجام ‏شده قرار گرفته بود و دو راه بیشتر در پیش روی نبود: یا تصمیم به مقاومت در جنگی نابرابر با ابعاد و دورنمایی ـ به حسب ظاهر ـ تیره و مبهم و یا تسلیم شدن در برابر خواست های امریکا و پناه بردن به او برای واداشتن صدام به عقب ‏نشینی، و در نهایت دست کشیدن از انقلاب و اسلام.
اما این شرایط با همه دشواری هایش کوچکتر از آن بودند که امام خمینی را در تشخیص وظیفه دچار دغدغه و تردید سازد. امام خمینی احکام جهاد و دفاع را در متن رسالۀ عملیه خویش به ‏عنوان تکالیف تخطی‏ ناپذیر الهی آورده بود. اگر کسی با گذشته زندگی و سیر تکامل شخصیت امام آشنایی داشته باشد از قبل می ‏تواند حدس بزند که او کدام مسیر را در این دو راهی و با چه دورنمایی انتخاب خواهد کرد.
امام خمینی بی‏ درنگ فرمان مقاومت صادر کرد و طی سخنانی امریکا را عامل اصلی جنگ و حامی و تحریک‏ کننده صدام خواند و با صراحت به مردم اطمینان داد که اگر برای خدا به دفع تجاوز دشمن به ‏عنوان یک تکلیف شرعی  بپا خیزید شکست دشمن قطعی است هرچند که همه عوامل ظاهری خلاف آن را ثابت کنند. فردای روز نخست تجاوز عراق، امام خمینی طی پیامی به ملت ایران خطوط اصلی نحوۀ ادارۀ امور جنگ و امور کشور در شرایط جنگی را در هفت بند کوتاه ولی بسیار دقیق و جامع ترسیم نمود و متعاقب آن طی چند پیام با ملت و ارتش عراق اتمام حجت کرد و از آن پس نظارت و هدایت امر دشوار دفاع طولانی و هشت ساله ملت را با مدیریتی کم‏ نظیر آغاز کرد.