کمک های همه جانبه به صدام در روند شرایط جبهه های جنگ که به سرعت به نفع سپاه اسلام جریان داشت تغییری ایجاد نکرد. هم زمان امریکا ناگزیر برای جلو گیری از سقوط صدام وارد دخالت مستقیم شد و با همکاری فرانسه و انگلیس و روسیه جنگ موسوم به جنگ نفت کشها را آغاز کردند تا از صدور نفت ایران و تردد کشتی های تجاری و صدور کالاهای اساسی جلوگیری کنند. سرنگون کردن هواپیمای ایرباس ایران و قتل عام کلیۀ مسافرین آن از جنایات دیگر امریکا بود و بمباران شیمیایی شهر عراقی حلبچه و خفه شدن دردناک بیش از پنج هزار شهروند بی دفاع از جنایات هولناک صدام بود که سازمان ملل و شورای امنیت در مقابل این فاجعه سکوت کرد.
در سال ۱۳۵۸ ه. ش گروهی از نیروهای مسلمان دانشگاهی با نام «دانشجویان مسلمان پیرو خط امام» سفارت امریکا در تهران را اشغال کردند. اشغال سفارت این کشور که در فرهنگ انقلاب اسلامی به نام «اشغال لانه جاسوسی» معروف گردیده است، رسوایی بزرگی برای هیأت حاکمه امریکا بود. زیرا، از اسرار جاسوسی ها و دخالت های بیشمار امریکا در ایران و کشورهای مختلف جهان پرده برمی داشت. امام خمینی این حرکت را انقلابی بزرگتر از انقلاب اول نامید.
مردم در روز دوازدهم فروردین 1358 ه. ش در رفراندوم جمهوری اسلامی شرکت کردند و در این انتخابات به تشکیل جمهوری اسلامی ایران با بیش از 98 درصد رای موافق پاسخ مثبت دادند و از آرمان های امام خمینی حمایت کردند.
امریکاییان پس از اشغال لانه جاسوسی امریکا به انواع روش ها مانند محاصرۀ اقتصادی و سیاسی متوسل شدند تا ایران را وادار به تسلیم کنند؛ اما مردم ایران با الهام از رهنمودهای امام خمینی حاضر به تسلیم نشدند. امریکا طرح عملیات آزاد کردن جاسوسان بازداشت شده خود و بمباران مراکز حساس ایران را برای نابودی انقلاب داشت که در صحرای طبس ایران، به طور معجزه آسا با شکست مواجه شد. پس از واقعه طبس عملیات شکست خورده رسماً از سوی جیمی کارتر ناتمام متوقف شد.
سازمان مجاهدین خلق که بعدها به علت خیانت ها و جنایت ها به سازمان منافقین معروف شد، در سالهای 44 تا 46 با هدف مبارزۀ مسلحانه با رژیم شاه تشکیل شد و به دلیل برداشتهای سطحی رهبران آن از جمله مسعود رجوی آخرین رهبر این گروه، از اسلام به دام التقاط افتادند. آنان در 30 خرداد 1360 دست به اغتشاشی خونین زدند و از این پس رسماً اقدامات براندازی و فعالیتهای تروریستی علیه انقلاب اسلامی را آغاز کرده و ترور شخصیتهای برجسته و عملیات مرصاد بعد از قبولی قطعنامه 598 شورای امنیت از جنایات این گروه است.
شکست طرحهای براندازی نظام جمهوری اسلامی ایران از سوی امریکا سبب شد این کشور در سال 1359 به سمت تجربۀ راه حل نظامی برود و با توجه به فراهم نبودن افکار عمومی جهانیان برای لشکرکشی مستقیم، کشور عراق به رهبری صدام بهترین گزینه برای امریکا بود و بدین ترتیب جنگ هشت ساله عراق علیه ایران که به دفاع مقدس نزد ایرانیان معروف شد، آغاز گردید.
آغاز جنگ تحمیلی عراق علیه ایران از روز 31 شهریور 1359 با تجاوز گستردۀ نظامی عراق در طول 1280 کیلومتر مرز مشترک با ایران بود که به سرعت کیلومترها در خاک ایران پیشروی کرد. همزمان هواپیماهای نظامی عراق، فرودگاه تهران و مناطق دیگر را بمباران کردند. ایران در مقابل عمل انجام شده قرار گرفته بود و دو راه بیشتر نداشت: مقاومت و دفاع در جنگی نابرابر و یا تسلیم شدن. امام خمینی در واکنش به این توطئه فرمان مقاومت صادر کرد و نظارت و هدایت این جنگ را بر عهده گرفت.
امام خمینی مثل همیشه تکیه گاهش خدا و مردم خداجو بود. او با سخنرانی ها و پیام هایش مردم را آماده نبردی سخت و طولانی مدت کرد. ارتش عراق که با وعده فتح سه روزه صدام، آمادگی جنگ فرسایشی طولانی مدت را نداشت با دفاع مردم ایران زمین گیر شد و بدین ترتیب دور تازهای از فشارهای سیاسی به سرکردگی امریکا و مجامع بین المللی یعنی تحمیل آتش بس آغاز شد.
صدام برای آتش بش نه تنها تضمینی برای عقب نشینی به مرزها نداده بود بلکه رسماً مدعی بود که مناطق وسیع اشغال شده و مناطق دیگری که هنوز به اشغال در نیامده اند می بایست به خاک عراق ملحق شوند و امام خمینی بدون توجه به هیاهوهای تبلیغاتی غرب مردم را به دفاع و ادامه جنگ تحمیلی تا عقب نشینی متجاوز به مرزهای شناخته شده و جبران خسارات وارده دعوت می کرد.
قطعنامۀ ۵۹۸ شورای امنیت از تصویب گذشت. این قطعنامه قسمت عمدۀ نقطه نظرات و شرایط قبلی ایران برای ترک نبرد را که از آغاز دفاع خویش بر آنها اصرار می ورزید ولی سازمان های بین المللی به امید پیروزی صدام زیر بار نمی رفتند، پذیرفته بود. تصویب این قطعنامه از یک سو و فجایع ضدانسانی که در ماه های آخر جنگ از ناحیۀ جنگ افروزان پدید آمده بود سبب شد تا به فرمان امام هیأتی از کارشناسان نظامی و سیاسی و اقتصادی متعهد ایران ابعاد وضعیت تازه را بررسی نمایند. این گروه در پایان بررسی به اتفاق آرا، نظر خویش را مبنی بر آماده بودن شرایط برای اثبات حقانیت جمهوری اسلامی در دفاع مقدس هشت ساله و ترک مخاصمه براساس مفاد قطعنامه ۵۹۸ اعلام کرد.
امام خمینی در تاریخ 4 / 2 / 1368 به منظور اصلاح و تکمیل ارکان تشکیلات نظام اسلامی طی نامه ای به رئیس جمهور وقت هیأتی از صاحب نظران و کارشناسان را مسئول بررسی و تدوین اصلاحات لازم در قانون اساسی بر اساس هشت محور تعیین شده در همین نامه نمود. پس از بازنگری قانون اساسی جمهوری اسلامی توسط کارشناسان، مواد اصلاح شدۀ قانون اساسی در تاریخ 12 آذر 1368 به همه پرسی گذاشته شد و با اکثریت مطلق آرا به تأیید ملت ایران رسید.
گورباچف آخرین صدر هیأت رئیسه اتحاد جماهیر شوروی دست به اصلاحات و تغییراتی در قطب کمونیستی جهان زده بود. هنوز تحلیلگران سیاسی و رهبران جهان غرب به این تحولات به دیده تردید و بدبینی می نگریستند و هیچ یک باور نداشتند که این تحولات، نظام الحادی هفتاد ساله کمونیسم را در شوروی از بیخ و بن برخواهد کند. ولی امام خمینی با بصیرتی غیرقابل درک برای محاسبه گران مادی، در تاریخ 11 / 10/ 1367 نامه ای به گورباچف نوشتند. در پیام امام خمینی به گورباچف سقوط رژیم کمونیستی پیش بینی شده است.