به طور مسلم قبل از تبعید امام خمینی (س) و حاج آقا مصطفی به نجف، بین مبارزین ایرانی با گرایشهای فکری اسلامی و گاهی غیراسلامی، ارتباط هایی وجود داشته، ولی از انسجام و استحکام لازم برخوردار نبوده است. با ظهور رهبر سیاسی ـ مذهبی و قدرتمندی چون امام خمینی (س)، مبارزان مسلمان از ایران، عراق، کشورهای اسلامی، اروپا و امریکا متوجه نجف شدند و با وجود اختلاف نظرها و برخورداری از سطوح مختلف فکری و مبارزاتی، رهبری امام خمینی (س) را پذیرفتند. در مقاطعی، حتی نیروهای چپگرا و مخالفین رژیم پهلوی با گرایشهای غیر اسلامی نیز سعی فراوانی به عمل آوردند که از حمایت امام خمینی (س) برخوردار شوند، اما موفق نشدند. با توجه به تنوع دیدگاه های مبارزان و پیچیدگی جریان مبارزه و کنترل ها، مراقبت ها و تلاش هایی که سعی در نفوذ در شبکه نهضت اسلامی داشت و بیت و اطرافیان امام، کانون توجه بود، حاج آقا مصطفی یکی از با اهمیت ترین و سخت ترین نقش ها را در ایجاد و برقراری رابطه با مبارزان علیه حکومت پهلوی در سطوح مختلف بر عهده گرفت. چنان که اشاره شد، محوریت و مرکزیت ارتباط های سید مصطفی، با مبارزین مسلمان بود. قابل ذکر است که حاج آقا مصطفی درگیر امور مالی بیت امام نبودند و صرفاً به امور اجرایی و ارتباط های نهضت امام خمینی (س) و نظارت بر آنها همت می گماشت. اقدام وی برای نشر افکار انقلابی و اندیشه های امام خمینی (س) از طریق توزیع رسالۀ عملیه، اعلامیه ها، پیامها، نامه ها و نشر سخنان امام خمینی در ایران و سایر کشورها از طریق شبکه مبارزین صورت می گرفت.
راهنمایی یاران امام، استفاده و اغتنام فرصت ها از طریق یاران ایشان و مشورت با آنها در مواقع ضروری و مقتضی، دریافت و پرداخت کمک های مالی، دریافت وجوه شرعی و غیره، غالباً بر عهده حاج آقا مصطفی بود؛ البته باید این نکته را نیز در نظر داشت، افراد دیگری بودند که در بیت امام با نظارت دقیق امام در این زمینه فعالیت می کردند و همۀ این کارها را حاج آقا مصطفی به تنهایی انجام نمی داد. این توضیح در امور مالی بیش از سایر امور صدق می کند. عمده ترین انگیزۀ سفرهای متعدد حاج آقا مصطفی به کشورهای اسلامی از جمله عربستان سعودی، سوریه، لبنان و کویت، ارتباط با مبارزین مسلمان ایرانی و طرفداران غیر ایرانی امام خمینی (س) و راهنمایی آنها و حتی ترویج اندیشه آموزش نظامی و مبارزۀ مسلحانه بود که در بسیاری موارد در قالب زیارت دو طرف انجام می گرفت. در این زمینه به طور مستند در گفتارهای بعدی، بحث و بررسی خواهد شد. بدین ترتیب پس از امام خمینی (س)، محور نهضت اسلامی، حاج آقا مصطفی بود. علی اکبر محتشمی پور می گوید: «در بررسی هایی که کارشناسان ساواک کرده بودند، ایشان را یک شخصیت بسیار خطرناک بعد از حضرت امام برای کیان و هستی رژیم سلطنتی شناخته بودند». (ویژه نامه فصلنامه یاد؛ مهر 1376، ص 348)
ارتباط سید مصطفی خمینی با افراد مختلف که درجه تعهدشان به اسلام و نهضت اسلامی تا حدودی متغیر بود، بیانگر این اصل است که وی در ارتباط با مبارزین علیه حکومت پهلوی «اصل مبارزه» را بیشتر از سایر امور مورد توجه قرار می داد و از این طریق سعی در ایجاد وحدت بین مبارزین داشت. سیدمحمود دعایی، از سال 1346 تا پیروزی انقلاب از نزدیکترین افراد به امام و حاج آقا مصطفی بود و فعالیتهای خستگی ناپذیری را در این سالهای سخت و دشوار انجام داد. شروع فعالیتهای وی همزمان با اوجگیری اختلافات دولتهای ایران و عراق بود. وی در خاطراتش می گوید: وقتی رفتم نجف، یک روز مرحوم حاج آقا مصطفی، ـ خدا رحمتش کند ـ ایشان آمدند در مدرسه مرحوم آقای بروجردی، قبل از نماز امام چون مرحوم امام در مدرسه آقای بروجردی نجف نماز می خواندند، معمولاً نیم ساعت به مغرب جمع می شدیم برای آماده شدن برای نماز جماعت، حاج آقا مصطفی آمدند به من گفتند: که شما در ایران امکان تکثیر دارید، اعلامیه ای، چیزی تکثیر شود؟ گفتم: بله؛ داریم، ایشان فرمودند: که آقا برای اولین بار بعد از تبعیدشان یک نامه، و یک اعلامیه ای دادند ... نامه سرگشاده ای به هویدا دادند و اعلامیه ای هم خطاب به روحانیون بوده، اعلامیه ها زیر چاپ کشف شده و ساواک هم خیلی هارت و هورت می کند؛ چون به دنبال آن پیروزی که امام در صدور و توزیع اعلامیه شان علیه کاپیتولاسیون که در سراسر کشور توزیع شده بود و هیچ کس هم گیر نیفتاده بود و توزیع موفقی بود، این اعلامیه ها زیر چاپ توقیف شده، ساواک هم مدعی هست که دیگر امام یارانی ندارد. امام هسته هایش کشف شده و امکان هیچ تحرکی ندارند. شما امکان دارید؟ گفتم: بله ما امکان داریم، ما هم امکانات توزیع و تکثیر و تهیه نشریه بعثت را داشتیم در قم، که خود من مسئولشان بودم.
من از نجف برگشتم و اعلامیه ها را تکثیر کردم و با شیوۀ بسیار موفقی آنها را توزیع کردیم ... (ن. ک: ستوده، امیررضا (به کوشش)؛ پا به پای آفتاب؛ ج 2، ص 16.)
علی اکبر محتشمی پور نیز که از یاران نزدیک امام و حاج آقا مصطفی در نجف بود، در مورد ارتباط سید مصطفی با مبارزین سیاسی ـ مذهبی ایران، می گوید:
با عنایت به این که حاج آقا مصطفی یک شخصیت سیاسی دارای اندیشه و تفکر خاص و راه، روش و منش مشخص در رابطه با مسائل سیاسی و مبارزاتی بود، وقتی از ایران شخصیت هایی مثل آیت اللّه دکتر بهشتی، آیت اللّه مطهری، حجت الاسلام والمسلمین هاشمی رفسنجانی، آیت اللّه جنتی، آیت اللّه موسوی اردبیلی و آقای شیخ علی تهرانی و دیگران در ارتباط با مسائل مبارزاتی از قم، تهران و سایر مناطق به نجف می آمدند، اگر یک جلسه با امام ملاقات و مذاکره داشتند، در حاشیه آن، جلساتی نیز با حاج آقا مصطفی داشتند و نظریات ایشان را هم دریافت و منتقل می کردند؛ چرا که نیروهای داخل، دیدگاه ها و نظرات حاج آقا مصطفی را هم در رابطه با کیفیت مبارزه و نحوه شکل گیری انقلاب می طلبیدند و درخواست داشتند، همین طور کسانی که از اروپا و امریکا می آمدند، نظیر: بنی صدر، قطب زاده، صادق طباطبایی، دکتر یزدی و دیگران در رابطه با مسائل سیاسی و مبارزاتی پس از ملاقات با امام، جلسات متعددی هم با حاج آقا مصطفی ملاقات می کردند. (یادها و یادمانها؛ آیت اللّه سید مصطفی خمینی؛ ج 1، ص 142 ـ 143.)
در اسناد ساواک به ارتباط سید مصطفی با افرادی چون: سید مرتضی غروی نخجوانی، سید حسن بجنوردی (پدر محمدکاظم بجنوردی)، موسی قمی، سید محمدرضا اشکوری (از بستگان موسی آیت اللّه زاده اصفهانی)، سید مرتضی فقیه (مبرقع) معروف به حاج داداش، و شیخ محمدتقی بهلول اشاره شده است. از دیگر افراد که با سید مصطفی ارتباط نزدیک داشتند و در راستای مبارزه جلسه های متعددی را تشکیل می دادند؛ موسی آیت اللّه زاده اصفهانی، دکتر محمد صادقی و محمدعلی مولوی عربشاهی بودند. در یکی از گزارش های ساواک در تاریخ 20 بهمن 1344 آمده است: «مصطفی خمینی، پسر آیت اللّه خمینی، آیت اللّه زاده اصفهانی، دکتر محمد صادقی که در نجف اشرف سکونت دارند، با یکدیگر ارتباط داشته و تصمیم دارند مبادرت به چاپ مجله ای به نام «جمهوریّت» در عراق بنمایند و دربارۀ ایران مطالبی در مجلۀ مزبور چاپ نمایند»؛ اما از چاپ احتمالی و مطالب چنین نشریه ای اطلاعی در دست نیست.

ارتباط سید مصطفی خمینی با افراد مختلف که درجه تعهدشان به اسلام و نهضت اسلامی تا حدودی متغیر بود؛ بیانگر این اصل است که وی در ارتباط با مبارزین علیه حکومت پهلوی «اصل مبارزه» را بیشتر از سایر امور مورد توجه قرار می داد و از این طریق سعی در ایجاد وحدت بین مبارزین داشت. نمونۀ بارز آن موسی آیت اللّه زاده اصفهانی می باشد که چندین سال با ایشان ارتباط و مبارزات مشترک و همکاری های مخفیانه داشت؛ ولی زمانی که بر او ثابت شد که آیت اللّه زاده اصفهانی از مسیر اصلی نهضت امام منحرف شده و به همکاری جدی و گسترده با تیمور بختیار و حکومت عراق روی آورده است، راه خود را از او جدا کرد. البته وجود اختلافات جزئی بین مبارزین از نظر سید مصطفی قابل چشم پوشی و یک امر عادی بود و مهم این بود که به اصل هدف آسیبی نرسد.
سید مصطفی اگر کسی از مبارزین را می دید که از خط امام و انقلاب منحرف شده، یا مغرضانه فکر می کند با او کاملاً قطع رابطه می کرد؛ ولی اگر متوجه می شد که کسی فریب خورده، تلاش می کرد که او را اصلاح کند و به راه راست باز گرداند. در مسافرتهایی که به کشورهای اسلامی می کرد، موارد زیادی پیش می آمد که با روش مذکور برخورد می کرد.
سید مصطفی به مبارزینی که حول محور امام خمینی (س) و متناسب با اهداف مبارزاتی و تفکر ایشان بودند و به صحت گفتار و کردار آنها اطمینان داشت، مأموریت هایی را در راستای نهضت اسلامی محول می کرد. البته این مأموریت ها به نوعی از طرف امام خمینی (س) نیز به حساب می آمد. برخی مأمور انتقال وجوه شرعی از ایران به نجف بودند و گاهی این انتقال از طریق کشور اسلامی ثالثی مثل عربستان سعودی، لبنان یا سوریه صورت می گرفت و گاهی نیز مستقیماً با سفر یاران امام و دوستان سید مصطفی به نجف عملی می شد. مأموریت های سیاسی و اجتماعی هم به همین طریق انجام می گرفت.
پس از انتقال امام خمینی (س) و حاج آقا مصطفی به عراق و استقرارشان در نجف اشرف، آنها برخلاف ترکیه به طرق مختلف با طرفداران نهضت اسلامی در ایران و سایر نقاط جهان ارتباط برقرار کردند. یکی از کانال های ارتباط، زائرینی بودند که از ایران و کشورهای اسلامی همجوار ایران برای زیارت به عتبات عالیات، مکه، مدینه و سوریه می رفتند. همه ساله امکان آن وجود نداشت که حاج آقا مصطفی به حج بروند و در آنجا با مبارزین و مخالفین رژیم پهلوی که در لباس حج می آمدند، دیدار و اخبار و اطلاعات را مبادله کنند؛ اما این امکان در چند نوبت فراهم شد و حاج آقا مصطفی ضمن بهره مندی از فیض الهی و معنوی حج، به پیشبرد نهضت نیز از آن طریق، کمک های شایانی کرد.
گزارشی از نمایندگی ساواک در بغداد به مرکز، در تاریخ دوازدهم اسفند 1344 موجود می باشد که در آن آمده است: سید مصطفی مصطفوی در سال جاری، عازم مکه می باشد. در زیر آن گزارش پی نوشتی بدین شرح اضافه شده است: «به کلیه منابع اطلاع دهید که مراقبت نمایند. به سرکار سرهنگ شیخان اطلاع داده شود، عکس نامبرده تکثیر و به منابع و همکاران داده شود. به منابعی که با ساواک تهران نیز همکاری می کنند، اطلاع داده شود. » در تاریخ هفده اسفند 1344 مدیرکل اداره سوم ساواک (مقدم) طی مکاتبه ای با اداره کل دوم ساواک، خواستار شده است که به نمایندگی ساواک در عربستان سعودی دستور داده شود که اعمال و رفتار سید مصطفی و همراهانش را تحت کنترل و مراقبت قرار دهند. گزارش اداره کل دوم ساواک به تاریخ 25 اسفند 1344 حاکی است که سید مصطفی در روز 23 اسفند 1344 وارد عربستان سعودی شده است.
مدیریت کل اداره سوم
بازگشت به شماره 64243 /613 ـ 18/12/44
طبق اطلاع واصله، نامبرده 00:20 روز 23/12/44 با هواپیمای سعودی وارد جدّه گردیده و به وسیله یکی از اعضای سرپرستی حج که از دوستان کاملاً مورد اعتماد او می باشد، استقبال گردید و از تنها وسیله که همراه داشته بازدید سطحی به عمل آمد؛ ولی چیز قابل ملاحظه ای در آن رؤیت نگردید. مشارالیه پس از انجام مراسم گمرکی به دفتر آقای ابوزید وکیل مطاوفین رفته و پس از قدری استراحت درحدود یک ساعت در اطراف مدینة الحاج به گردش پرداخته و سپس در حدود ساعت 00:23 به منزل ابوزید رفته، شب را در آنجا به سر برده است و قرار است که با اتومبیل به شهر مدینه، مسافرت و در منزل آقای سیدمحمد لواسانی سکونت نماید.
نامبرده ضمن صحبت اظهار داشته که منتظر شخصی به نام سیدمحمدصادق لواسانی است که از تهران با پرواز 145 به جدّه خواهد رفت و از این که دولت شاهنشاهی ایران به او ویزای خروجی داده، اظهار تعجب نموده است.
خواهشمند است دستور فرمایید که در مورد سوابق آقای سیدمحمدصادق لواسانی و این که آیا به این شخص اجازه خروج داده شده است یا خیر؟، این اداره کل را مطلع گردانید.
مدیرکل اداره دوم [ساواک] ـ  نگهبانی. (ویژه نامه فصلنامه یاد؛ مهر 1376، ص 131 ؛ اسناد ضمیمه؛ سند شماره 50)

پس از این گزارش، اداره کل سوم ساواک از خروج سید محمدصادق لواسانی برای عزیمت به حج جلوگیری به عمل آورد. سفارت ایران در عربستان سعودی نیز مراقب اعمال سید مصطفی بوده است. در دیداری که سفیر ایران با امیر مکه و مدینه به عمل آورد، از وی خواست که به سید مصطفی اجازه هیچ گونه فعالیت سیاسی علیه دولت ایران داده نشود. علیرغم آن همه کنترل و مراقبت از سید مصطفی، ایشان موفق شد با چندین نفر از مبارزین ایرانی تماس بگیرد و پیام امام خمینی (س) را به آنها و از طریق آنها به ایران برساند. در گزارش ها آمده است، که در دیدار با برخی مخالفین رژیم، با آنها در مورد نحوۀ سخنرانی و فعالیت در ماه های محرم و صفر صحبت و تبادل نظر کرده است.