سید مصطفی، اولین فرزند حضرت امام خمینی (س)، در 21 آذر 1309 ه. ش (21 رجب 1349 ه . ق) در شهر مقدس قم دیده به جهان گشود. در زمان تولد وی، خانواده امام خمینی (س) در یک خانۀ اجاره ای در محله الوندیه، نزدیک محله عشقعلی در قم زندگی می کردند. مادر ایشان خانم خدیجه ثقفی در مورد چگونگی انتخاب اسم برای اولین فرزندشان می گوید: من خیلی دوست داشتم که نامش مصطفی باشد و نمی دانم آقا [امام خمینی ] چه دوست داشتند؛ ولی من ایشان را راضی کردم و گفتم که چون نام پدرتان مصطفی بوده است، بسیار مناسب است و آقا هم راضی شدند و اسمش را محمد گذاشتیم، لقبش را مصطفی و کنیه اش را ابوالحسن گذاشتیم، ابوالقاسم نگذاشتیم که هر سه مشابه حضرت رسول (ص) نشود. (کمیته علمی کنگره شهید آیت اللّه مصطفی خمینی؛ یادها و یادمانها از آیت اللّه سید مصطفی خمینی؛ ج 2، ص 29.) امام خمینی (س) برای زنده نگهداشتن یاد و خاطرۀ پدرشان حاج سید مصطفی که به دست خوانین خمین کشته شده بود، برای خود نام خانوادگی مصطفوی و برای اولین فرزندش نام سید مصطفی را برگزیدند. سید مصطفی دوران کودکی را در دامان مادری با تقوا و پدری عالم و فرزانه پشت سر گذاشت. بهره مندی از چنین خانواده ای و رشد و پرورش در چنان محیط مذهبی و آکنده از معنویت، در شکل گیری شخصیت مذهبی، علمی و اسلامی سید مصطفی و شکوفایی استعداد و نبوغ وی در زمانی که جامعه دچار بی سوادی و مسائل و مشکلات فرهنگی و اجتماعی عدیده ای بود، نقش شایانی داشت. شاید جرأت، جسارت و شجاعت وی که توسط برخی ناظران به عنوان خاطره ذکر شده، متأثر از چنین تربیتی بوده است. امام خمینی (س) از سنین کودکی تا جوانی و حتی بعد از آن بر تحصیل، رفت و آمدها و دوستان سید مصطفی نظارت دقیق داشتند. امام خمینی (س) به دو موضوع نظم و جدیت در سید مصطفی، بویژه در تحصیل، تأکید خاصی داشتند.
ازدواج و فرزندان

سید مصطفی در بیست و چهار سالگی با معصومه حائری، دختر آیت اللّه شیخ مرتضی حائری ازدواج کرد. امام خمینی (س) با شیخ مرتضی حائری دوست و همدرس بودند و با شناختی که از خانوادۀ وی داشتند؛ با وصلت پسرشان با آن خانواده موافقت نمودند. خانم خدیجه ثقفی در مورد چگونگی این ازدواج می گوید: یک وقت شایع شد که ما با آقا مرتضی حائری وصلت کرده ایم، به طوری که مصطفی می گفت: وقتی آقای حائری از صحن حرم بیرون می آید، رفقا می گویند که پدر زنت آمد. این شایعه به گوش آقا [امام خمینی ] رسیده بود و یک شب آقا از من پرسید که دختر آقای حائری را دیده ای؟ من هم کمی توضیح دادم. آقا گفت: چطور است این دروغ را راست کنیم؟ گفتم که هر طوری صلاح می دانید. فردا صبح هم آقا پیغام فرستاده بود و ظهر، آنها جواب داده بودند و باز آقا پیغام داده بود که همان شب بروند برای صحبت؛ بعد به ما خبر دادند که مردها رفته اند و ما زنها هم بعداً رفتیم و قرار عقد گذاشته شد. وقتی موضوع خواستگاری و ازدواج با معصومه حائری را با حاج آقا مصطفی نیز در میان گذاشته بودند، ایشان گفته بود: «من خواب معصومه را دیده ام». در این زمان، معصومه، دختری شانزده ساله بود. این وصلت در سال 1335 اتفاق افتاد. اولین فرزند آنها محبوبه بود که بیماری مننژیت گرفت و فوت کرد. دومین فرزندشان حسین نام داشت که معمم شد و اینک در راه کسب و فراگیری علوم اسلامی است. سومین فرزند آنها مریم است که تا دورۀ دکترا تحصیل کرده است. چهارمین فرزندشان نیز در جریان حمله کماندوهای رژیم پهلوی در سیزدهم آبان 1343 به خانۀ امام خمینی (س) برای دستگیری ایشان، پیش از تولد از بین رفت. ( همان؛ ص 31 ـ 32.)