از نظر اخلاقی برای حاج آقا مصطفی ویژگیهای زیادی می توان برشمرد؛ از قبیل: خوش خلقی، خونسردی، ساده زیستی، صراحت لهجه، نفوذناپذیری، زهد، صفای باطن، خودساختگی، استقلال رأی و مواردی از این قبیل؛ اما برجسته ترین ویژگی وی؛ یعنی آقازادگی، قابل بررسی است .
الف) آقازادگی

حاج آقا مصطفی برخلاف اینکه فرزند شخصیتی همچون امام خمینی (س) بود و می توانست از این موقعیت بهره برداری زیادی بکند؛ اما هیچ وقت تلاش نکرد به عنوان یک آقازاده، تعیین کنندۀ سیاست و جریانات در کنار امام (س) باشد، بلکه کوشید که هم امام به عنوان یک شخصیت مستقل صاحب تفکر با خط مشی خاص، در میان دیگران جلوه کنند و هم اینکه نخواست خودش یک شخصیت تبعی و پیرو داشته باشد. حجت الاسلام دعایی که سالها از نزدیک، شاهد و ناظر اخلاق و رفتار سید مصطفی بود؛ در این زمینه می گوید: ایشان همیشه از آقازادگی و دارا بودن یک شخصیت وابسته و اینکه به دلیل فرزند کسی بودن، مورد احترام قرار گیرد، نفرت داشت؛ البته این به معنای عدم درک وی از موقعیت و برخورداری او از وجود چنان پدری نبود، بلکه به دلیل همان درک مستقل و داشتن یک شخصیت اصیل برای خود بود. انسان خودساخته و نمونه ای بود که می خواست به عنوان آنچه هست مطرح باشد و نه دربارۀ وابستگیها و انتسابات. و البته این، دلیل بر نزدیک شدن این فرد به کمال می باشد. این رفتار دقیقاً در همان رابطه ظریفی بود که امام (س) هم هیچ گاه اجازه نمی دادند که مسائل خانوادگی و عاطفی در امور مبارزاتی و یا مسائل حوزه و اجتماع روحانیت دخیل شود. امام (س) از ابتدا کوشیده بودند که فرزندشان تافتۀ جدا بافته ای در حوزه نبوده، مانند دیگران مطرح شود و البته این شیوۀ تربیت، باعث شده بود که آن مرحوم بتواند در یک جو غیر وابسته در حوزۀ علمیه، خود را ساخته، به خاطر لیاقت و پشتکار خود به آن مقام مستقل علمی برسد. ( همان؛ ص 191.)
همۀ صاحبنظران و آنهایی که از نزدیک حاج آقا مصطفی را می شناختند، در این موضوع اشتراک نظر دارند که ایشان برای کسب شخصیت، خود را متصل به پدرش نکرد، بلکه از خود شخصیتی مستقل ساخت.
ب) ساده زیستی و تواضع

سید مصطفی خمینی با تأثیرپذیری از پدر بزرگوارش، ساده زیستی را در همۀ ادوار زندگی اش روش پایدار و الگوی زندگی خود قرار داد. در طول حیات وی ساده زیستی و بی پیرایگی در جوانب مختلف زندگی ایشان آشکارا به چشم می خورد و همۀ افرادی که با زندگی وی آشنایی دارند، این موضوع را تأیید می کنند. او بر خلاف بسیاری از آقازاده ها پرتوقع نبود و خود را مانند دیگر طلبه ها تلقی می کرد و زندگی خانوادگی و معیشتی اش نیز متفاوت از آنها نبود. فریده مصطفوی، خواهر سید مصطفی، در این باره چنین می گوید: پیش از سال 1342، یک زندگی معمولی طلبگی داشت. پس از اینکه به ترکیه تبعید شد، امکانات بیشتری برایش فراهم شد؛ ولی با این حال، زیّ طلبگی خود را فراموش نکرد. در نجف، در یک منزل 45 متری در محله ای به نام حویش (در اصل: هویش) که فاصلۀ کمی با منزل امام (س) داشت، زندگی می کرد ... از دنیا بریده بود و به دنبال توسعۀ آن نبود. اصولاً روی مادیات هیچ حسابی نمی کرد. در خرج کردن وقتی هم پولی به دستش می رسید، دقت می کرد و سخت می گرفت. ( یادها و یادمانها از آیت اللّه سید مصطفی خمینی؛ ج 2، ص 390.)
آیت اللّه فاضل موحدی لنکرانی نیز در تأیید مطالب مذکور می گوید: شهید مصطفی خمینی چه در دوران قبل از شروع مبارزۀ پدر بزرگوارش و چه در دوران شروع مبارزه، چه در ایران و چه در موقعی که در نجف زندگی می کردند، در تمامی این دوره ها، با ایشان بودیم، زندگی داخلی ایشان در یک سطح بسیار بسیط و عادی بود، زندگی ایشان در تمامی این ایام اصلاً از صورت یک طلبۀ عادی متوسط خارج نمی شد و این به خاطر این بود که ایشان به آن گونه زندگی ها هیچ دلبستگی نداشت. آنکه مورد علاقه ایشان بود، یکی؛ مسألۀ جهات علمی و یکی هم؛ مسائل مربوط به مبارزه بود. در غیر این دو مسأله، هیچ فکر نمی کرد و نمی اندیشید. ( پیام انقلاب؛ ش 91 (25 مرداد 1362)، ص 34)
یکی از مستندات مهمی که در زمینۀ ساده زیستی و عدم توجه سید مصطفی به جمع آوری مال و ثروت و پرداختن به تجمل می باشد: وصیتنامۀ ایشان می باشد. در وصیتنامه اش از اموال دنیا فقط کتابهایش را برمی شمارد و در مورد آنها نیز احتیاط می کند و یادآور می شود که آنها نیز از وجوه شرعیه خریداری شده اند و اگر فرزندش، حسین، علوم قدیمه را تحصیل نکند، بهتر است آنها را به کتابخانۀ مدرسۀ آیت اللّه بروجردی در نجف تحویل دهند.
«جمیع کتابهای خود را در اختیار حسین قرار می دهم به شرط آنکه تحصیل علوم قدیمه کند و در غیر این صورت به کتابخانۀ مدرسۀ آقای بروجردی در نجف اشرف تحویل دهند؛ چه آنکه نوعاً از وجوه، تحصیل شده و خلاف احتیاط آن است که ارث برده شود. چیز دیگری ندارم مگر بعضی مختصر است، آن هم دیگر احتیاج به گفتار ندارد.»
ج )ویژگیهای عبادی، عرفانی و مذهبی
آیت اللّه سید مصطفی خمینی از نظر معنوی دارای جایگاه و مقام والایی بود. او از ابتدای زندگی در کنار فراگیری علم، همواره به تهذیب نفس و اخلاق خود توجه و عنایت ویژه ای داشته است. اگر طلاب علوم دینی و روحانیون از این خصیصه به دور باشند و نتوانند توأم با تحصیل علوم دینی و اسلامی به تهذیب اخلاق خود بپردازند و در جهاد با نفس جدی نباشند، احتمال موفقیتشان در اصلاح اجتماع نیز به همان حد کاهش پیدا می کند. بنابراین حاج آقا مصطفی با بهره مندی از این ویژگی مهم، آمادگی کامل برای ورود به اجتماع و به عهده گرفتن نقش های اساسی را دارا بود. (پیام انقلاب؛ ش 18 (30 مهر 1359)، ص 42)
از صفات و ویژگی های سید مصطفی می توان به دائم الذکر بودن وی اشاره کرد. حجت الاسلام علی ستاری که از نزدیک با سید مصطفی و با ابعاد معنوی او آشنا بود، در این مورد می گوید: در سفرهایی که با ایشان بودم و به کربلا می رفتیم یا شب جمعه ای بود یا شب قدر، که مناسبتی داشت، پس از اینکه سوار ماشین می شدیم، دو سه جمله که حرف می زدیم، شروع به خواندن قرآن می کرد. من هم قهراً مجبور بودم در کنار ایشان قرآن بخوانم ... هیچ گاه در غیر مورد ذکر، تسبیح در دست نمی گرداند. بسیار ذکر می گفت. ذکرهای گوناگونی هم داشت. همۀ آنها را به یاد ندارم؛ اما ذکر «لاحول ولا قوّة الا باللّه» را از او به خاطر دارم. جوری ذکر می گفت که حالت نمایش و ریا نداشته باشد. در هنگام ذکر یا دعا هم اگر کسی صحبتی می کرد، بدون اینکه به او بفهماند در چه حالی است، جوابش را می داد؛ معمولاً هم با تبسم پاسخ می داد. گاهی که بین الطلوعین صبحهای پنج شنبه یا جمعه وقتی که خلوت باشد با هم به کوفه می رفتیم و یا وقتی منزل ما تشریف می آورد، می دیدم که همیشه در حال ذکر است. جز در هنگام بحث، دست از ذکر برنمی داشت. ( یادها و یادمانها از آیت اللّه سید مصطفی خمینی؛ ج 1، ص 382.) سید مصطفی برنامۀ منظمی برای ساعات روز و شب داشت. برنامۀ عبادت، مباحثه، مطالعه، ورزش و تفریح ایشان اکثراً برقرار بود. شب را به عبادت و مطالعه مشغول می شد و غالباً این برنامه تا اذان صبح ادامه داشت. پس از اذان، بین دو تا سه ساعت می خوابیدند. پس از آن به اعمال روزانه مشغول می شد. دو ساعت هم، بعد از ظهر می خوابیدند و بقیۀ روز بیدار بود. از برنامه های روزانه وی که ترک نمی شد قرائت قرآن بود. حتی در هوای گرم نجف، خود را مقید کرده بود که روزی یک یا نیم جزء از قرآن را تلاوت کند. در شیوۀ قرائت قرآن نیز به سبک خاصی عمل می کرد و بسیار ساده و همراه با تکان دادن سر و عامیانه بود و معتقد بود که این سبک از خواندن قرآن و برخورد عامیانه با آن، نورانیتی در دل قاری قرآن ایجاد می کند.

انس دائمی با قرآن در تهذیب نفس و تقویت بُعد عبادی و عرفانی وی تأثیر بسزایی داشت. این انس به جایی رسیده بود که در سفرها نیز خواندن قرآن را ترک نمی کرد. در نماز نیز پابرجا بود. علاوه بر نمازهای واجب، نمازهای مستحبی، نوافل و سجده های طولانی نیز به جا می آورد، به طوری که پیشانی او پینه بسته بود. بنا به توصیۀ امام خمینی (س) که معتقد بودند، بایستی مستحبات در خفا و به دور از چشم مردم باشد تا ریا در آن راه نیابد، حاج آقا مصطفی نیز به همین دلیل مستحباتش را در اتاق دربسته انجام می داد. نماز شب را نیز همچون نمازهای واجب، به طور مرتب به جا می آورد و هیچ گاه آن را ترک نمی کرد. در ادوار مختلف زندگی اش در نمازهای جماعت امام خمینی (س) شرکت می کرد و به ایشان اقتدا می نمود. ( یادها و یادمانها از آیت اللّه سید مصطفی خمینی ج 2، ص 392 ـ 394)

سید مصطفی با ادعیۀ مختلف نیز مألوف و مأنوس بود. دعای کمیل، دعای توسل، دعای ماه رجب، زیارت عاشورا، زیارت جامعه و سایر ادعیۀ فردی و جمعی را به جا می آورد. وی از شیفتگان خاندان عصمت و طهارت ـ علیهم السلام ـ بود و نسبت به ائمۀ اطهار عشق می ورزید و هنگام حضور در مشاهد متبرکۀ آنان، حال خاصی داشت؛ بنابراین زیارت نیز یکی دیگر از برنامه های او بود که همیشه تکرار می شد. ایشان علاقۀ خاصی نسبت به امام حسین (ع) داشتند و با شیفتگی و اخلاص تمام به زیارت مرقد مطهر حضرت اباعبداللّه (ع) می رفتند و بدین سبب همه روزه نیز زیارت عاشورا را می خواندند. ( پیام انقلاب؛ ش 18 (30 مهر 1359)، ص 69 ) سید مصطفی برای زیارت مرقد مطهر امام حسین (ع) فاصلۀ بین نجف تا کربلا را پیاده طی می کرد؛ البته گاهی نیز با ماشین این کار را انجام می داد. در مورد یکی از این سفرهای زیارتی وی، حجت الاسلام محمدرضا رحمت، خاطرۀ جالبی دارد.
در یکی از مسافرتها به علت گرمی هوا، روزها استراحت می کردیم و شبها راه می رفتیم. به علت وزن سنگینی که ایشان داشت پاهایش تاول زده بود؛ لذا من و آقای بنکدار، داماد مرحوم مدنی، چوبدستی گرفته بودیم پشت کمر حاج آقا مصطفی تا با تکیه بر آن راه برود، بعداً مطرح شد که اگر بدین شکل ادامه مسیر بدهیم موفق به زیارت اربعین نمی شویم، ناگهان ایشان بر سرعت خود افزود. به طوری که اصلاً نتوانستیم به ایشان برسیم. ( یادها و یادمانها از آیت اللّه سید مصطفی خمینی؛ ج 2، ص 282) حاج آقا مصطفی به همراهان خود که عازم زیارت کربلا بودند، توصیه می کرد که در این سفرها سعی کنند زیارت عاشورا بخوانند. خودش نیز چنین می کرد. ایشان در کربلا به مرقد حضرت ابوالفضل (ع) و سایر شهدای کربلا نیز مشرف می شد.
او در نجف نیز علاوه بر زیارت مرقد امیرالمؤمنین (ع)، به زیارت مسجد سهله نیز می رفت. در نجف رسم بود که بیشتر طلاب و فضلا، شبهای چهارشنبه به مسجد مذکور می رفتند. در این مسجد، افراد بسیاری خدمت امام زمان (عج) رسیده اند. حاج آقا مصطفی نیز هر هفته به آنجا می رفت و در آن بیتوته می کرد. وی سفرهای زیارتی به سامرا، کوفه، کاظمین و سایر شهرهای عراق انجام می داد. چندین بار نیز برای انجام حج و زیارت، عازم مکه و مدینه گردید و در مجموع این سفرهای زیارتی و انجام زیارت به تکامل روحیه و بُعد معنوی و عرفانی خود پرداخت.
از سایر فعالیتهای مذهبی سید مصطفی در نجف و قبل از آن در ایران، شرکت در مراسم اعتکاف و عزاداری هایی بود که در مساجد و بیوت مراجع و روحانیون برگزار می شد. او در مراسم عزاداری و روضه خوانی ها به شدت منقلب می شد و بر مظلومیت اهل بیت عصمت و طهارت اشک می ریخت.

منبع: زندگینامه و مبارزات آیت الله سید مصطفی خمینی