با شناخت دقیق و دیرینه ای که امام خمینی(س) از شهید مطهری و آثار او داشت، آرزو می کرد که مطهری در دوران جمهوری اسلامی باشند تا مردم از وجودش، کمال استفاده را ببرند.
شاید بعضیها که مجلس ختم استاد شهید مطهری را که از طرف امام در مدرسۀ فیضیه برگزار شد از تلویزیون دیده و شاهد برخورد امام بوده اند. در آن زمان چون امام در قم بودند و از این رو خودشان در این مجلس ختم شرکت نمودند. در تمام زمانی که سخنران در کنارشان ایستاده بود و دربارۀ شخصیت استاد مطهری شاگرد برجسته و پارۀ تن امام و نیز شهادت او سخن می گفت، امام در کمال آرامش و وقار گوش می دادند.
حضرت امام خمینی (س) در پیامی به مناسبت نخستین سالگرد شهادت استاد مرتضی مطهری فرمودند: سالروز شهادت شهیدی مطهر است که در عمر کوتاه خود اثرات جاویدی به یادگار گذاشت که پرتوی از وجدان بیدار و روح سرشار از عشق به مکتب بود. او با قلمی روان و فکری توانا در تحلیل مسائل اسلامی و توضیح حقایق فلسفی، با زبان مردم و بیقلق و اضطراب، به تعلیم و تربیت جامعه پرداخت.
کلیه حقوق برای موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی (س) محفوظ است.