از دیدگاه امام خمینی دفاع از اسلام و جامعه اسلامی یکی از اصلی ترین اهداف انقلاب می باشد و در صورتی که مسلمانان نگران استیلای اقتصادی و یا معنوی دشمن باشند، این امور را واجب می داند و این اندیشه دفاعی امام از محدوده ملت های مسلمان فراتر رفته و شامل سایر ملت ها هم می شود. حضرت امام در رابطه با نیروهای مسلح به عنوان ارکان دفاعی جامعه توصیه نموده و می فرمایند:
« قوای مسلح، از ارتش و سپاه و ژاندارمری و شهربانی تا کمیته ها و بسیج و عشایر ویژگی خاص دارند. اینان که بازوان قوی و قدرتمند جمهوری اسلامی می باشند و نگهبان سرحدات و راه ها و شهرها و روستاها و بالاخره نگهداران امنیت و آرامش بخشان به ملت می باشند، می بایست مورد توجه خاص ملت و دولت و مجلس باشند.» (صحیفه امام، جلد 21، ص 431)
امام همواره بر تلاش در جهت ایجاد وحدت و انسجام نیروهای مسلح و هدف مشترک که عامل مهم در پیروزی بر دشمن خواهد بود، تاکید می ورزید. چرا که روح تفکر و جهان بینی اسلامی روح وحدت جامعه انسانی است و روح وحدت جامعه انسانی به خصوص وحدت نیروهای مسلح، کشتی جامعه را به ساحل نجات و آرامش به حرکت در آورد. با عنایت به اینکه یکی از عوامل گسستن انسجام و و ایجاد اختلافات نظامیان ورود به دسته های سیاسی و احزاب و گروه ها است و با توجه به اینکه نیروهای مسلح در هر کشور به عنوان پاسدار تمامیت ارضی، منافع ملی و کیان آن کشور محسوب می گردد و گروه گرایی نیروهای مسلح بر خلاف رسالت این نیروها است. زیرا با ورود به احزاب، منافع ملی تحت شعاع منافع گروهی و خیالی احزاب قرار می گیرد، لذا امام بزرگوار در این باره می فرمایند:
« وصیت اکید من به قوای مسلح آن است که همان طور که از مقررات نظام، عدم دخول نظامی در احزاب و گروهها و جبهه ها است به آن عمل نمایند؛ و قوای مسلح مطلقاً، چه نظامی و انتظامی و پاسدار و بسیج و غیر اینها، در هیچ حزب و گروهی وارد نشده و خود را از بازیهای سیاسی دور نگه دارند. در این صورت می توانند قدرت نظامی خود را حفظ و از اختلافات درون گروهی مصون باشند. و بر فرماندهان لازم است که افراد تحت فرمان خود را از ورود در احزاب منع نمایند. و چون انقلاب از همه ملت و حفظ آن بر همگان است، دولت و ملت و شورای دفاع و مجلس شورای اسلامی وظیفه شرعی و میهنی آنان است که اگر قوای مسلح، چه فرماندهان و طبقات بالا و چه طبقات بعد، بر خلاف مصالح اسلام و کشور بخواهند عملی انجام دهند یا در احزاب وارد شوند که- بی اشکال به تباهی کشیده می شوند- و یا در بازیهای سیاسی وارد شوند، از قدم اول با آن مخالفت کنند. و بر رهبر و شورای رهبری است که با قاطعیت از این امر جلوگیری نماید تا کشور از آسیب در امان باشد.» (صحیفه امام، جلد 21، صص: 433-432)
امام غفلت از تقویت بنیه دفاعی کشور را عامل طمع تهاجم و تجاوز بیگانگان و سرانجام تحمیل جنگ ها و توطئه ها می داند. بدین جهت امام در وصیت نامه ای الهی خویش ضمن تاکید بر این مطلب راه رسیدن به خودکفایی کامل را نشان داده و می فرمایند:
«و من به همه نیروهای مسلح در این پایان زندگی خاکی، وصیت مشفقانه می کنم که از اسلام که یگانه مکتب استقلال و آزادی خواهی است و خداوند متعال همه را با نور هدایت آن به مقام والای انسانی دعوت می کند، چنانچه امروز وفادارید در وفاداری استقامت کنید که شما را و کشور و ملت شما را از ننگ وابستگی ها و پیوستگی ها به قدرت هایی که همه شما را جز برای بردگی خویش نمی خواهند و کشور و ملت عزیزتان را عقب مانده و بازار مصرف و زیر بار ننگین ستم پذیری نگه می دارند نجات می دهد. و زندگی انسانی شرافتمندانه را و لو با مشکلات بر زندگانی ننگین بردگی اجانب و لو با رفاه حیوانی ترجیح دهید؛ و بدانید ما دام که در احتیاجات صنایع پیشرفته، دست خود را پیش دیگران دراز کنید و به دریوزگی عمر را بگذرانید قدرت ابتکار و پیشرفت در اختراعات در شما شکوفا نخواهد شد. و به خوبی و عینیت دیدید که در این مدت کوتاه پس از تحریم اقتصادی همان ها که از ساختن هر چیز خود را عاجز می دیدند و از راه انداختن کارخانه ها آنان را مأیوس می نمودند، افکار خود را به کار بستند و بسیاری از احتیاجات ارتش و کارخانه ها را خود رفع نمودند. و این جنگ و تحریم اقتصادی و اخراج کارشناسان خارجی، تحفه ای الهی بود که ما از آن غافل بودیم. اکنون اگر دولت و ارتش کالاهای جهان خواران را خود تحریم کنند و به کوشش و سعی در راه ابتکار بیفزایند، امید است که کشور خودکفا شود و از دریوزگی از دشمن نجات یابد.
و هم در اینجا باید بیفزایم که احتیاج ما پس از این همه عقب ماندگی مصنوعی به صنعت های بزرگ کشورهای خارجی حقیقتی است انکارناپذیر. و این به آن معنی نیست که ما باید در علوم پیشرفته به یکی از دو قطب وابسته شویم. دولت و ارتش باید کوشش کنند که دانشجویان متعهد را در کشورهایی که صنایع بزرگ پیشرفته را دارند و استعمار و استثمارگر نیستند بفرستند؛ و از فرستادن به امریکا و شوروی و کشورهای دیگر که در مسیر این دو قطب هستند احتراز کنند، مگر ان شاء اللَّه روزی برسد که این دو قدرت به اشتباه خود پی برند و در مسیر انسانیت و انسان دوستی و احترام به حقوق دیگران واقع شوند؛ یا ان شاء اللَّه مستضعفان جهان و ملت های بیدار و مسلمانان متعهد، آنان را به جای خود نشانند. به امید چنین روزی.»(صحیفه امام، ج 21، صص: 434- 433)