آیت الله سید مصطفی خمینی در خانواده و محیطی مذهبی و علمی رشد و نمو یافت و تحت تأثیر این محیط، پس از سپری کردن دورۀ مکتبخانه و ابتدایی، بنا به مصلحت امام خمینی(س)، وارد حوزه علمیه قم شد و قدم در راه فراگیری علوم اسلامی نهاد. دیری نگذشت که سید مصطفی در اثر نبوغ و فعالیتهای علمی، از اقران خود پیشی گرفت و توجه استادانش را به خود جلب کرد. در شکوفایی نبوغ و جدیت وی در تحصیل، نظارت و تشویقهای امام خمینی(س) نیز، مؤثر بوده است. استادان وی از هوش و ذکاوت وی با عنوان «فکر زایا» نام برده اند.
زندگینامه و مبارزات آیت الله سید مصطفی خمینی؛ ص 171