شهادت آیت الله حاج آقا مصطفی خمینی در اول آبان 1356 ه. ش و مراسم باشکوهی که در ایران برگزار شد نقطه آغازی بر خیزش دوباره حوزه های علمیه و قیام جامعه مذهبی ایران بود. امام خمینی در همان زمان به گونه ای شگفت، این واقعه را از الطاف خفیه الهی سخنرانی در جمع روحانیون دربارۀ قدرت روحانیت و خدمات علمای شیعه نامیده بود.
رژیم شاه با درج مقاله ای توهین آمیز علیه امام در روزنامه اطلاعات انتقام گرفت.اعتراض به این مقاله، به قیام 19 دی ماه قم پیام به ملت ایران به مناسبت قیام دی مردم قم و نوید پیروزی در سال 56 منجر شد که طی آن جمعی از طلاب انقلابی به خاک و خون کشیده شدند. بار دیگر قیام از قم آغاز شد و در مدت زمانی اندک و در شرایطی کاملاً متفاوت با پانزده خرداد سال 42 در سراسر کشور همگانی شد. برگزاری مراسم سوم، هفتم و چهلم های پیاپی در بزرگداشت خاطره شهیدان قیام اخیر در تبریز، یزد، جهرم، شیراز، اصفهان و تهران قیام هایی مکرر پدید آورد. در تمام این مدت پیامهای مستمر و متعدد امام خمینی و نوار سخنرانی های ایشان که در آنها مردم را به استقامت و ادامه قیام تا سرنگونی اساس سلطنت و تشکیل حکومت اسلامی دعوت کرده بود، به وسیله هواداران ایشان تکثیر و در سطحی وسیع در ایران توزیع می شد. شاه علی رغم دست زدن به کشتارهای جمعی نتوانست شعله های افروخته شده را خاموش کند. مانورها و ترفندهای سیاسی و نظامی شاه پیش از آنکه اندک تأثیری در فروکش کردن خشم مردم بگذارد با صدور بیانیه های افشاگرانه امام خمینی و دستورالعمل های مبارزاتی ایشان خنثی می شدند. جایگزینی تکنوکرات غربزده به نام جمشید آموزگار به جای هویدا و همچنین جعفر شریف امامی یکی از پیشکسوتان فراماسونری در ایران با شعار «دولت آشتی ملی» نتوانست مبارزات مردم را متوقف سازد. کشتار بی رحمانه مردم به وسیله نیروهای نظامی در میدان شهدای (ژاله) تهران در روز 17 شهریور 1357 ه. ش پیام به ملت ایران دربارۀ کشتار وحشیانه شهریور حکومت نظامی در تهران و یازده شهر بزرگ ایران پیام به ملت ایران و اعلام عزای عمومی و ادامه اعتصاب نتوانست مانع رسیدن پیام های امام خمینی به مردم و تظاهرات شبانه روزی آنها شود. سرانجام پس از دیدار وزرای خارجه ایران و عراق در نیویورک تصمیم به اخراج امام خمینی از عراق گرفته شد.