چند حادثه در این سالها اتفاق افتاد که اثر آن بر روح امام سنگینی می کرد. یکی از این حوادث، کشتار زائرین خانه خدا در مراسم حج سال 1366 بود. امام خمینی به استناد صدها آیه صریح قرآن و سیرۀ پیامبر اکرم (ص) و بزرگان دین و روایات بیشمار ائمه معصومین (ع) سخت معتقد بود که سیاست جزئی از دین است و تفکیک دین و سیاست در سده های اخیر به وسیله استعمارگران انجام گرفته و نتایج شوم این جدایی، در عالم اسلام و در بین پیروان دیگر ادیان الهی مشهود است. حضرت امام دین اسلام را آیین هدایت بشر در تمام مراحل و ابعاد و ادوار زندگی فردی و اجتماعی می دانست و از آنجا که روابط اجتماعی و سیاست جزئی تفکیک ناپذیر از حیات بشری است، از این رو در عقیدۀ امام خمینی اسلامی که صرفاً محدود در جنبه های عبادی و اخلاق فردی معرفی شود و مسلمانان را از دخالت در سرنوشت خویش و مسائل اجتماعی و سیاسی باز دارد، اسلامی تحریف شده و به تعبیر امام «اسلام امریکایی» است. او نهضت خویش را نیز بر مبنای اندیشۀ جدایی ناپذیر بودن دین و سیاست آغاز کرده و ادامه داده بود. یکی از برجسته ترین آثار امام خمینی احیای حج ابراهیمی است. بنابه نصّ آیۀ قرآن، حج کانون قیام مردم و بارزترین جلوۀ نمایش و اعلان برائت از مشرکین خوانده شده است، پس از پیروزی انقلاب، امام خمینی با صدور پیام های سالانه در مراسم حج بر وجوب توجه مسلمین به مسائل سیاسی جهان اسلام و برائت از مشرکین به عنوان رکن حج، و بازگویی وظایف حجاج در این رابطه تأکید می کرد. بتدریج کنگرۀ عظیم حج شکل واقعی خویش را باز می یافت و همه ساله آیین برائت از مشرکین با حضور دهها هزار زائر ایرانی و شرکت مسلمانان انقلابی از کشورهای دیگر برگزار می شد و طی راهپیمایی باشکوهی شعارهایی دایر بر اعلان بیزاری از امریکا، شوروی و اسرائیل به عنوان نمونه های بارز شرک و کفر جهانی و دعوت مسلمانان به اتحاد سر داده می شد و همزمان در ایام حج، گردهمایی هایی برای تبادل نظر بین مسلمین و چاره جویی مشکلات آنان برگزار می گردید. تأثیر فوق العادۀ این اقدامات سبب شد تا امریکا فشار خویش را بر دولت سعودی برای جلوگیری از آن افزایش دهد. در روز جمعه، ششم ذیحجه سال 1407 ه. ق هنگامی که بیش از 150 هزار زائر در خیابان های مکه برای شرکت در مراسم برائت از مشرکین حرکت کردند، مأمورین مخفی و علنی دولت سعودی با آمادگی قبلی و مسدود نمودن محور اصلی حرکت جمعیت ناگهان با انواع سلاح های سرد و گرم به سرکوبی تظاهرکنندگان پرداختند. در این واقعه غم انگیز حدود چهار صد نفر از حجاج ایرانی، لبنانی، فلسطینی، پاکستانی، عراقی و دیگر کشورها به شهادت رسیده و حدود پنج هزار نفر مجروح و عده ای بیگناه دستگیر شدند. اکثریت شهیدان و مجروحین را زنان و سالخوردگانی تشکیل می دادند که قادر به فرار سریع از مهلکه نبودند. آنها در نهایت مظلومیت و بی دفاعی به اتهام اینکه تکبیرگویان برائت از مشرکین را اعلام می کردند به خاک و خون کشیده شده بودند و مهمتر از این، حرمت حرم امن الهی در روز جمعه در ایام مبارک حج، در ماه حرام شکسته شده بود. آثار خشم امام خمینی از این جسارت و اندوه عمیق ایشان از اینکه مصالح امت اسلامی و شرایط جهان اسلام مانع از اقدام عملی می شد، تا روزهای آخر عمر امام در کلام و پیامش آشکار بود.

جنایت بزرگ صدام در بمباران شیمیایی شهر حلبچه، کشتار بیگناهان در بمباران های وسیع مناطق مسکونی ایران و دعوت دولت های به ظاهر اسلامی از امریکا و اروپا برای گسیل ناوگانهای دریایی به خلیج فارس در حمایت از صدام، منفجر ساختن هواپیمای مسافربری ایران بر فراز خلیج فارس به وسیله نیروهای نظامی امریکا، بی تفاوتی کشورهای اسلامی در قبال تجاوز اسرائیل به جنوب لبنان و فجایع صهیونیست ها در این کشور، سرکوبی بیرحمانه مسلمانان به پاخاسته فلسطین در سرزمین های اشغالی و بدتر از آن رویکرد دولتهای عربی به سمت سازش با اسرائیل و دست کشیدن از هدف آزادسازی قدس و در پهنه مسائل داخلی، شرایطی که منجر به برکناری قائم مقام رهبری از سوی امام خمینی (در تاریخ 8 / 1 / 68) گردید؛ مسائل دردناکی برای امام خمینی بودند که همه عمرش را وقف خیر و صلاح امت اسلامی و قیام برای بازیابی مجد مسلمانان کرده بود.
امام خمینی در سالهای آخر سعی نمود که مجموعه ارزش ها و آرمان ها و هدف هایی را که اساس نهضت برای تحقق آنها پایه ریزی شده بود، یادآوری کرده و اولویت های نظام جمهوری اسلامی و انقلاب جهانی اسلام را براساس این آرمان ها و ارزش ها ترسیم و بازگو نماید و سال قبل از رحلت خویش در تاریخ 26 بهمن 1361 وصیتنامه سیاسی ـ الهی مفصل خود را بر همین مبنا و با همین انگیزه نوشته است. این وصیتنامه پیام جاوید امام خمینی و حاوی اصول اندیشه و آرمانهای امام و راهنمای همیشگی پیروان او خواهد بود.